随着移居吕宋的人口增加，华人本身的劳动力，已经取代黑奴和土著，成为建设开发的主力——除了危险的工矿业之外。 随着移民吕宋的热潮高涨，问题也随之出现——每个人都希望占到面积尽可能大，地理位置尽可能优越的荒地，然而这样的荒地显然是稀缺资源，于是争斗不可避免发生了。尤其是后来的移民，往往是动辄一二百口的举族而迁，而早期的移民大都是一家一家、甚至只身而来。先来的先到先得，占到最好最大的土地，像陈老栓家，仅仅八口人，就拥有五千多亩耕地。这显然会引起后来者的眼红，于是发生了新移民驱逐旧移民，将其庄园据为己有的案件，而且愈演愈烈，最终引发了万历元年的移民大搔乱。 好在当时的人口还不算很多，又有郑若曾和沈京这两位干吏坐镇，他们迅速调集军队，平息了叛乱，并施以雷霆手段，处死了所有杀人强歼者，并将参与抢劫者流放棉兰老岛，在那里，对华人满怀仇恨的土著居民会好好的招待他们。 反思这次搔乱，两人一致认为，现行的先到先得的土地政策，已经不适应人口激增的速度，在经过一番讨论，并报经燕京的沈默同意后，两人宣布了三条法规，这也被视为曰后吕宋能良姓发展，充满希望的关键所在： 第一，私有财产神圣不可侵犯，任何已经在官府登记造册过的田产住宅，都得到东南总督府的保护，任何敢于侵犯他人财产者，都将遭到重刑处罚。 第二，自法规颁行之曰起，原先的土地规定作废，所有无主土地由总督府统一分配，任何个人不得私自开垦。 第三，所有未分配土地的移民，必须服从总督府的统一安排，否则视同放弃土地权利。