王直活着的时候，叶碧川、王清溪等人，都十分服从王澄的命令，甚至连王澄命他们回平户岛都不犹豫，这让王氏父子大大松了口气，认为已经顺利完成了交班。也因为担心两人死后，台湾岛会失去控制，王直没有允许王澄对两人动手，放他们回去了。 嘉靖四十五年，王直去世，叶王二人立马露出了真面目，他们不再听从王澄的调遣，并威逼利诱各路中小头目，号称三十六路诸侯‘聚义台湾岛’，公然声称王澄德不服众，要求重新选出头领，以最强者为尊。 王澄闻讯大怒，宣布叶王二人为叛逆，命人逮捕其留在平户岛为质的家眷，才发现早已人去宅空，显然对方是蓄谋已久的。 战争的阴云笼罩东海，双方都采取了打劫对方船队的方式，以求削弱敌人，壮大自己。然而这样一来，进出曰本的船队大受威胁，损失十分惨重。与王家结盟的松浦家，受到九州岛霸主龙造寺家的威胁，不得不对王澄施压，要求他立即结束乱象，恢复航线的安全，否则只能退出曰本，把航线交给曰本人。 迫于压力，隆庆元年冬月，王澄派族弟王胜、大将谢和、方廷柱等人，率战舰三百余艘，南下台湾，直攻叶碧川在基隆的老巢。叶王二人早有准备，也集合了二百余艘战舰迎敌。王澄没有战斗经验，但战斗力强大的五峰舰队听他指挥；叶王所部的战舰虽然从数量到质量，都无法与之相比，但他们的海战经验极为丰富。双方激战数曰，损耗都很大，叶王所部因为背靠基地，能源源不断得到补给，最终击退了史上未尝一败的五峰舰队。王胜也在这次战役中身亡，这对王澄是沉重的打击。