可是大多数后黎朝王族、文武豪族，依然逃窜或隐姓埋名，又或者聚众成匪，反对他的统治。莫登庸和他的儿子莫登瀛四处平叛，扑灭了大多数叛乱，除了它命中的宿敌……后黎旧臣阮淦在逃奔哀牢后，得到了哀牢国王的支持，但眼见一支支比他强大的义军被扑灭，阮淦意识到要与强大的莫朝对抗，必须打出黎朝的旗号，于是他派人在国内遍求黎氏子孙，得昭宗子黎宁，立之。但他知道仅凭立个黎氏后人，无法打响复国的招牌，于是在黎宁继位后，即派使臣到燕京备陈莫氏篡弑之罪，乞王师为其复国，嘉靖皇帝命人前往云南会勘，确认了黎氏的身份。并下旨切责莫氏的篡国之举，命其立即归位于黎氏，否则立即派王师南下平叛。 那时候，嘉靖皇帝还是个热血青年，在圣旨被莫朝无视后，断然派兵部尚书毛伯温挂帅征讨，毛伯温调兵遣将，集大军十余万吞并镇南关，传檄安南，布告民众，大有灭此朝食之势。 见大军压境，舆论迫人，安南军心大乱，莫登庸坐卧不安。他考虑再三，于是遣使乞降，先降书和安南的地图与户籍，后更是亲率大臣十余人，赤膊自缚于镇南关请降。 于是毛伯温飞章报奏朝廷，嘉靖皇帝十分高兴，很快发布诏书，把安南王国改称安南都统使司，将其行政地位由属国降为属地，并入中国版图。莫登庸对此毫不介意，心安理得地对明自称都统使、对内却继续称帝建元。但不久之后，他就发现大事不妙了，他献国的举动被许多安南国人不齿，私下将他骂为‘国贼’。 而其南方的黎宁，却因为得到了明朝的确认，成为了许多黎朝旧人心中的不二国君。此消彼长间，于是风云咸会，义声大振，黎朝旧臣无不归顺。