但他们太心急了，完全把沈默给他们划定的路线抛之脑后……结果，在他们还沉浸于和皇帝拉上关系的喜悦时，便已经惹得一些人看不顺眼了，先是有礼科官员上本说：‘这些西洋人非我族类，所带之物又都是神仙方士的东西，这等不明之人怎能留下？’ 内阁请示皇帝，隆庆当然不高兴了，就让他们把奏疏压下来。见皇帝没有回旨，官员们就又奏了一本，这次拿出了朝廷规矩，说凡是外国使团，在京城逗留是有时间限制的，既然他们已经见过皇上，就该速速打发他们离去，不能再将他们留在京师，以免他们每天想家。 然后礼部的官员又连续上了几份奏疏，隆庆皇帝不胜其烦，只得不让沙勿略再进宫。沙勿略这才知道，自己对大明的了解还是不够……在这里，只讨好皇帝是远远不够的，因为为数众多的官员阶层，其综合影响力，甚至还要超过称孤道寡的皇帝。 传教士团这才慌了神，他们后悔没听沈默的话，现在成了众矢之的，连皇帝也不管他们了……如果真要这样离开燕京，那么耶稣会努力二十年的成果，就会付诸东流，谁也承担不起这个损失。 沙勿略只好再次去向沈默求救，却连吃闭门羹，他知道沈大人这是在表达不满，心里也是十分羞愧。回去后写了一封信，向沈默表达万分歉意，并发誓不会再违背他的意志，肯请他不吝援手。 有了白纸黑字在手，沈默这才让手下的官员停下火力，再让自己在工部的学生上疏，言道：‘京城钟表已经不少，随时都会发生故障，如果沙勿略等西洋人不在，就无法保证钟表的正常运转，那么千金换来的昂贵玩意儿，就成了破铜烂铁，这是谁也不愿看到的。故奏请皇帝将沙勿略等人留在京城，负责修理钟表。